2000年，最高人民法院进行了机构改革，对最高人民法院的机构设置和职责分工进行了 重新划分和调整。根据《最高人民法院机关内设机构及新设事业单位职能》(法发【2000】30号)的规定，最高人民法院民事审判第三庭(原知识产权审判庭)的主要职能为：
1审判第一、二审著作权(包括计算机软件)、商标权、专利权、技术合同、不正当竞争以 及科技成果权、植物新品种权等知识产权案件；
2审理处理不服高级人民法院生效裁判的知识产权申请再审案件以及少数立案庭移送的不服基层人民法院、中级人民法院生效裁判的知识产权申请再审案件；
3办理知识产权申请复议案件；
4审批高级人民法院知识产权案件延长审限的申请。
此外，民事审判第三庭还办理下列案件：
1审理与本庭业务相关的请示案件；
2办理与本庭业务相关的涉外、涉港、澳、台的案件；
3办理与本庭业务相关的人大代表和政协委员会的提案和建议以及领导交办的案件；
4参与起草相关司法解释；
5开展相关审判工作的调研指导及协调。
